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ChIP-seq是最-廣泛使用的染色質(zhì)圖譜檢測(cè)方法,但有很大的局限性,具體表現(xiàn)為:
1.高細(xì)胞需求量;
2.低吞吐量;
3.技術(shù)困難;
4.高成本,深度測(cè)序;
5.數(shù)據(jù)質(zhì)量差,變量大
CUT&RUN和CUT&Tag檢測(cè)法正在取代ChIP-seq
簡(jiǎn)化的工作流程跳過了ChIP-seq實(shí)驗(yàn)法中的挑戰(zhàn)性步驟,包括染色質(zhì)片段化和抗體pull down,用更少的細(xì)胞和測(cè)序讀數(shù)得到更佳的數(shù)據(jù)。
具體變現(xiàn)為:
1.低細(xì)胞需求量;
2.高吞吐量;
3.操作流程更簡(jiǎn)易;
4.低成本,測(cè)序讀取次數(shù)更少;
5.數(shù)據(jù)質(zhì)量可靠,重復(fù)性好
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